2,6-Difluoropyridine-3-boronic acid ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกกับสารประกอบฮาโลเจน ทำให้สามารถสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อนได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนายาและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากโครงสร้างที่มีฟลูออรีนสามารถเพิ่มความเสถียรและกิจกรรมทางชีวภาพของโมเลกุลได้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในวัสดุศาสตร์เพื่อพัฒนาวัสดุที่มีคุณสมบัติเฉพาะทาง เช่น โพลิเมอร์หรือสารกึ่งตัวนำ