2,4,6-Trifluorobenzeneboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบที่มีหมู่โบรอนกับสารประกอบที่มีหมู่ฮาโลเจน กระบวนการนี้มีความสำคัญในอุตสาหกรรมยาและวัสดุศาสตร์ เนื่องจากช่วยในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาและสารเคมีทางการเกษตร โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการออกแบบโมเลกุลที่มีคุณสมบัติเฉพาะเจาะจง เช่น การเพิ่มความเสถียรหรือการปรับปรุงกิจกรรมทางชีวภาพ