กรดโบรอนิกเพนตาฟลูออโรฟีนิลถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาที่หลากหลาย โดยเฉพาะอย่างยิ่งในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิงแบบซูซูกิ-มิยาอูระ มันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน รวมถึงยาและสารเคมีเกษตร เนื่องจากความสามารถในการสร้างเอสเตอร์โบโรเนตที่เสถียรกับไดออลและกลุ่มฟังก์ชันอื่นๆ ในการวิทยาศาสตร์วัสดุ มันถูกใช้ในการปรับแต่งพื้นผิวและสร้างโพลิเมอร์ขั้นสูงที่มีคุณสมบัติเฉพาะ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการทางเคมีบางอย่าง เพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของปฏิกิริยา กลุ่มเพนตาฟลูออโรฟีนิลที่ดึงอิเล็กตรอนทำให้มันมีประสิทธิภาพโดยเฉพาะในการทำให้ตัวกลางปฏิกิริยาที่ทำปฏิกิริยาเสถียรและปรับปรุงผลลัพธ์ของปฏิกิริยา