สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม (cross-coupling reactions) เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura ซึ่งทำหน้าที่เป็นตัวเรย์เอเจนต์บอโรนิกแอซิด กรุ๊ปปกป้อง tert-butoxycarbonyl (Boc) บนไนโตรเจนของอินโดลช่วยเพิ่มความเสถียรและความเลือกสรรในการทำปฏิกิริยา สารนี้มักถูกใช้ในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน รวมถึงเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร ซึ่งส่วนของอินโดลเป็นองค์ประกอบโครงสร้างหลัก กรุ๊ป Boc สามารถถูกกำจัดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ อนุญาตให้มีการปรับแต่งเพิ่มเติมบนวงแหวนอินโดล การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในเคมียารักษาโรคสำหรับการพัฒนาผู้สมัครยาที่มุ่งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพต่างๆ