(6-Aminopyridin-3-yl)boronic acid hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอาไรล์หรือวินิลฮาไลด์ สารนี้ยังมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษากลไกการเกิดปฏิกิริยาและพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพมากขึ้น