สารนี้ใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในกระบวนการสังเคราะห์ทางเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยาควบคู่ (coupling reactions) เช่น ปฏิกิริยาซูซูกิ (Suzuki reaction) ซึ่งใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างกรดบอโรนิกกับสารประกอบอาริลหรือวินิลเฮไลด์ สารนี้มีประโยชน์ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและวัสดุศาสตร์ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งหมู่ฟลูออโรและกรดบอโรนิกช่วยเพิ่มความหลากหลายในการออกแบบโมเลกุลให้มีคุณสมบัติเฉพาะตัว