2-Benzyloxypyrimidine-5-boronic acid เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร หมู่โบรอนิกแอซิดของสารนี้ช่วยให้เกิดการจับคู่ที่มีประสิทธิภาพกับ aryl halides ต่างๆ ส่งผลให้สามารถสร้างโมเลกุลที่มีโครงสร้างซับซ้อนได้ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ pyrimidine ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบยาที่เล็งเป้าหมายไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง ความหลากหลายของสารนี้ยังขยายไปถึงวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยช่วยในการผลิตวัสดุอินทรีย์ขั้นสูง