3-Chloro-5-methoxyphenylboronic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยา พรบ.เคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง กลุ่ม boronic acid ของมันช่วยให้เกิดพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์และตัวเร่งปฏิกิริยา เนื่องจากความตอบสนองและความเสถียรของมัน ผู้แทน methoxy และ chloro ยังช่วยเพิ่มความหลากหลายในการออกแบบโครงสร้างโมเลกุลเฉพาะสำหรับการใช้งานที่กำหนดเป้าหมาย