(2,6-Difluoro-3-nitrophenyl)boronic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura ปฏิกิริยานี้จำเป็นสำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้สามารถสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อนซึ่งใช้ในเภสัชกรรม สารเคมีเกษตร และวิทยาศาสตร์วัสดุ กลุ่มบอโรนิกแอซิดของสารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญ สนับสนุนการคัปปลิงระหว่างฮาไลด์อะริลหรือไวนิลกับรีเอเจนต์ออร์กาโนบอรอน โครงสร้างเฉพาะที่มีกลุ่มฟลูออรีนและไนโตรช่วยเพิ่มความตอบสนองและความเลือกในการแปลงเหล่านี้ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการพัฒนาเซ็นเซอร์และโพรบ เนื่องจากความสามารถในการโต้ตอบกับไดออลและโมเลกุลที่เกี่ยวข้องทางชีวภาพอื่นๆ ทำให้มีคุณค่าในการวิจัยชีวเคมีและการวินิจฉัย