(2-Chloro-3-fluorophenyl)boronic acid ใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีในอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะในกระบวนการ Suzuki-Miyaura coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้สร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบอะรีนโบรนิกแอซิดกับสารประกอบอะรีลฮาไลด์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาตัวยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่เกี่ยวข้องกับโรคต่าง ๆ เช่น มะเร็ง และโรคทางระบบประสาท เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งคลอรีนและฟลูออรีนช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงในการออกฤทธิ์