(5-Chloro-2-fluoropyridin-4-yl)boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอาริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้มีประโยชน์ในการผลิตสารเคมีที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น ยา สารกำจัดศัตรูพืช และวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งคลอรีนและฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและความเฉพาะเจาะจงในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ