2-Fluoro-3-pyridineboronic acid ใช้ในการวิจัยทางเภสัชกรรมสำหรับการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายโรคทางระบบประสาท มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างสารประกอบ biaryl ที่มีคุณสมบัติทางรักษาได้ ใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตรเพื่อพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ขั้นสูง เช่น เซมิคอนดักเตอร์และไดโอดเรืองแสง (LEDs) กลุ่ม boronic acid ของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งหน้าที่ได้อย่างแม่นยำในการสังเคราะห์อินทรีย์ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโพลิเมอร์และสารเคลือบผิวที่เฉพาะทาง