(2-Fluoro-5-(trifluoromethoxy)phenyl)boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในปฏิกิริยาเคมีเพื่อสร้างสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้มักถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งฟลูออรีนและกลุ่มไตรฟลูออโรเมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรและความสามารถในการละลายของสาร นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการวิจัยและพัฒนาวัสดุใหม่ ๆ เช่น โพลีเมอร์หรือวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ที่มีคุณสมบัติพิเศษ