2-Fluoro-3-methylpyridine-5-boronic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายา กลุ่ม boronic acid ช่วยให้สามารถสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างยารองหรือสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ ตัวแทน fluorine และ methyl สามารถมีอิทธิพลต่อคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และ steric ของผลิตภัณฑ์ที่ได้ เพิ่มความเฉพาะเจาะจงและประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบวัสดุอินทรีย์ขั้นสูงที่มีคุณสมบัติที่ปรับแต่งได้