(2-Morpholinophenyl)boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง มีบทบาทสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลอินทรีย์ซับซ้อน สารนี้ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น ยาต้านการอักเสบและยาต้านไวรัส เนื่องจากโครงสร้างที่มี morpholine และ boronic acid groups ช่วยปรับปรุงคุณสมบัติทางเภสัชวิทยา เช่น เพิ่มความละลายและความเสถียร นอกจากนี้ ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุเพื่อพัฒนาวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ โพลิเมอร์ ตัวเร่งปฏิกิริยา และเซ็นเซอร์ตรวจจับน้ำตาลกับสารวิเคราะห์อื่นๆ