3-Methoxymethylphenylboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling เพื่อสร้างสารประกอบ biaryl ที่ซับซ้อน สารประกอบเหล่านี้มีความสำคัญในเภสัชกรรม สารเคมีเกษตร และวิทยาศาสตร์วัสดุ นอกจากนี้ยังใช้เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้และวัสดุฟังก์ชันนัล กลุ่ม boronic acid ของมันช่วยให้เกิดการจับติดแบบเลือกสรรกับ diols ทำให้มีประโยชน์ในการรับรู้คาร์โบไฮเดรตและการประยุกต์ใช้เซ็นเซอร์ นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการเตรียมโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบที่มีคุณสมบัติเฉพาะ