4-Chloro-2-ethylpyrimidine-5-boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกแอซิดกับสารประกอบอะริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้มักถูกนำมาใช้ในอุตสาหกรรมยาเพื่อสังเคราะห์โมเลกุลที่มีศักยภาพทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็งหรือยาต้านไวรัส นอกจากนี้ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีความซับซ้อนและมีความเฉพาะทางสูง