4-Chloro-2-(cyclohexyl)pyrimidine-5-boronic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาครอสคัปปลิงแบบซูซูกิ-มิยาอูระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling reactions) ปฏิกิริยานี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนโดยการก่อตัวพันธะคาร์บอน-คาร์บอน กลุ่มโบรอนิกแอซิดในสารนี้ทำหน้าที่เป็นกลุ่มฟังก์ชันหลักที่ช่วยให้เกิดการครอสคัปปลิงกับฮาไลด์อาริลหรือวินิลใน حضورตัวเร่งปฏิกิริยาพาลลาเดียม ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างอนุพันธ์ไพรีมีดีน ซึ่งมักพบในยารักษาโรคต่าง ๆ รวมถึงมะเร็งและการติดเชื้อไวรัส นอกจากนี้ คุณสมบัติโครงสร้างของมันยังมีประโยชน์ในการพัฒนาสารเคมีเกษตรและวิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งต้องการโครงสร้างโมเลกุลเฉพาะสำหรับคุณสมบัติที่ต้องการ