4-Chloro-2-(3-trifluoromethylphenyl)pyrimidine-5-boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกแอซิดกับสารประกอบอะริลหรือไวนิลฮาไลด์ สารนี้มีประโยชน์ในการผลิตสารเคมีที่มีโครงสร้างเฉพาะทาง เช่น ยา สารกำจัดศัตรูพืช หรือวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ เนื่องจากสามารถนำไปใช้ในการปรับเปลี่ยนโมเลกุลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพหรือคุณสมบัติเฉพาะของผลิตภัณฑ์สุดท้ายได้