4-Chloro-2-(3-methoxyphenyl)pyrimidine-5-boronic acid เป็นสารเคมีที่ใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกแอซิดกับสารประกอบอาไรล์หรือวินิลแฮไลด์ สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารประกอบทางเภสัชกรรมและวัสดุที่มีคุณสมบัติเฉพาะทาง เช่น ยารักษาโรคและสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการพัฒนาวัสดุอิเล็กทรอนิกส์และสารเรืองแสงได้อีกด้วย