2-Chloro-4-fluoropyridine-5-boronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki-Miyaura coupling ปฏิกิริยานี้ช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้มีคุณค่าในการผลิตเภสัชภัณฑ์ สารเคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง กลุ่มโบรอนิกแอซิดช่วยอำนวยความสะดวกในการจับคู่กับฮาไลด์อะรีลหรือไวนิล ในขณะที่ตัวแทน chloro และ fluoro ให้ปฏิกิริยาเพิ่มเติมสำหรับการปรับแต่งโครงสร้าง ใช้กันอย่างแพร่หลายในการพัฒนาสารประกอบชีวภาพ รวมถึงผู้สมัครยาที่มีศักยภาพ เนื่องจากความสามารถในการนำเสนอโครงสร้างหลากหลาย นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับสร้างส่วนประกอบอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และโพลิเมอร์