2-Chloro-4-(morpholino)phenylboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์และตัวปรับตัวรับ (receptor modulators) สารนี้มีบทบาทสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพสำหรับงานวิจัยในเคมียารักษา (medicinal chemistry) เพื่อช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดที่อาจเป็นไปได้ กลุ่ม boronic acid ของสารนี้ทำให้มีคุณค่าการออกแบบเซ็นเซอร์และโพรบสำหรับตรวจจับสารวิเคราะห์เฉพาะในงานศึกษาทางชีวเคมี นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตวัสดุขั้นสูง เช่น ชิ้นส่วนอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เนื่องจากความสามารถในการปรับโครงสร้างโมเลกุลได้อย่างมีประสิทธิภาพ