5-Methoxy-2-cyanopyridine-4-boronic acid เป็นสารเคมีที่ใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling reaction) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนิกกับสารประกอบฮาโลเจนหรือสารประกอบซัลโฟเนต สารนี้มักถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิก (heterocyclic compounds) ที่มีประโยชน์ในอุตสาหกรรมยา เช่น การพัฒนายาต้านมะเร็งหรือยาต้านไวรัส นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการปรับแต่งโมเลกุลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ หรือใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาสารใหม่ที่มีคุณสมบัติเฉพาะทาง