5-ฟลูออโร-2-เมทิลไพริดีน-4-โบรนิก แอซิด ใช้หลัก ๆ เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิงแบบซูซูกิ-มิยาอูระ ปฏิกิริยานี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนโดยการก่อตัวพันธะคาร์บอน-คาร์บอน กลุ่มโบรนิก แอซิดของสารนี้ช่วยอำนวยการในการคัปปลิงกับอาไรล์หรือวินิลฮาไลด์ ทำให้สามารถสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น ผู้สมัครยาหรือสารเคมีเกษตร ตัวแทนฟลูออรีนและเมทิลยังช่วยเพิ่มความเสถียรและปฏิกิริยาของผลิตภัณฑ์ที่ได้ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการพัฒนาวัสดุขั้นสูงและส่วนประกอบอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เนื่องจากความสามารถในการปรับโครงสร้างโมเลกุลอย่างมีประสิทธิภาพ