5-Ethoxypyrazine-2-boronic acid ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมสารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ กลุ่มโบรอนิกแอซิดของมันช่วยอำนวยความสะดวกในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยให้เกิดการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนที่จำเป็นสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน สารเคมีนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง ซึ่งโครงสร้างโมเลกุลที่แม่นยำเป็นสิ่งสำคัญ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยช่วยในการสังเคราะห์วัสดุอินทรีย์ขั้นสูงที่มีศักยภาพในการใช้ในอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์และเซ็นเซอร์ ความหลากหลายและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่สำคัญในทั้งเคมียารักษาและการวิจัยอุตสาหกรรม