2,3,6-Trifluorophenylboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอริลหรือวินิลฮาไลด์ ทำให้ได้สารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อนมากขึ้น มักใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเพื่อสังเคราะห์ยาชนิดต่าง ๆ รวมถึงสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนาวัสดุใหม่ ๆ เช่น โพลิเมอร์และวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ เนื่องจากคุณสมบัติทางเคมีที่เฉพาะเจาะจงของกลุ่มฟลูออรีนและโบรอน