6-Bromo-3-chloro-2-fluorophenylboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบ aryl boronic acid กับ aryl halide สารนี้มักถูกนำมาใช้ในการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างที่มีหมู่ฮาโลเจนหลายตัวช่วยเพิ่มความหลากหลายในการปรับแต่งโมเลกุลให้เหมาะสมกับเป้าหมายทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการวิจัยและพัฒนาวัสดุใหม่ๆ ในอุตสาหกรรมเคมี เช่น โพลิเมอร์หรือสารเคลือบพิเศษ