4-Borono-3,5-difluorobenzoic acid ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านเคมีอินทรีย์และชีวเคมี โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างซับซ้อน เนื่องจากมีกลุ่มบอโรนิกที่สามารถทำปฏิกิริยาในปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในขั้นตอนการปรับปรุงโครงสร้างโมเลกุลเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น เอนไซม์หรือตัวรับสัญญาณในร่างกาย