(4-Methoxypyridin-3-yl)boronic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะปฏิกิริยาครอสคัปปลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura ซึ่งเป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ช่วยในการก่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน มีบทบาทสำคัญในการวิจัยเภสัชกรรม โดยช่วยพัฒนาผู้สมัครยา (drug candidates) ด้วยการนำหมู่เมทอกซี่ไพริดีนเข้าไปในโมเลกุลเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุเพื่อสังเคราะห์วัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และโพลิเมอร์ฟังก์ชันนัล กลุ่มบอโรนิกแอซิดช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเลือกสรรกับไดออล ทำให้เหมาะสำหรับการพัฒนาเซ็นเซอร์และเคมีคาร์โบไฮเดรต