3-Fluoro-4-nitrophenylboronic acid ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์และตัวปรับตัวรับ มีบทบาทสำคัญในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น การจับคู่แบบ Suzuki-Miyaura เพื่อสร้างสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อนสำหรับการค้นพบยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมวัสดุขั้นสูงและเซ็นเซอร์ โดยซึ่งกรดบอโรนิกช่วยให้เกิดการจับ selectively กับ diols และน้ำตาล ทำให้มีประโยชน์ในระบบตรวจสอบกลูโคส หมู่ nitro และ fluoro ช่วยเพิ่ม reactivity และ specificity ในกระบวนการทางเคมีต่างๆ