3-Acetyl-2-fluorophenylboronic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura ปฏิกิริยานี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน รวมถึงยาตัวสมัคร กลุ่มแทนที่อะซิติลและฟลูออรีนบนวงแหวนฟีนิลสามารถมีผลต่อปฏิกิริยาและความเลือกของกรดโบรอนิก ทำให้มีคุณค่าต่อการออกแบบโครงสร้างโมเลกุลเฉพาะ นอกจากนี้ ยังอาจทำหน้าที่เป็นสารกลางในการพัฒนาสารชีวภาพที่มีฤทธิ์ รวมถึงตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวปรับตัวรับ เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่ศาสตร์วัสดุศาสตร์ ซึ่งสามารถใช้ในการปรับเปลี่ยนพื้นผิวหรือสร้างโพลิเมอร์ที่ถูกฟังก์ชันไนซ์ด้วยคุณสมบัติที่ปรับแต่งได้