3-Ethoxy-2,4,6-trifluorophenylboronic acid ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) ที่มุ่งเป้าไปยังโรคต่างๆ มันมีบทบาทสำคัญในปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งเป็นวิธีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้สามารถสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนได้ สารนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ สนับสนุนการออกแบบวัสดุขั้นสูงที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์หรือคุณสมบัติทางแสงเฉพาะ โครงสร้างอะโรมาติกที่ถูกแทนที่ด้วยฟลูออรีนทำให้สารนี้มีคุณค่าต่อการวิจัยที่มุ่งเน้นสารประกอบฟลูออรีน ซึ่งมักถูกสำรวจเนื่องจากคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพที่เป็นเอกลักษณ์