3,5-Dichloro-4-fluorophenylboronic acid ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา cross-coupling แบบ Suzuki-Miyaura ซึ่งทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน การนำไปใช้มีความสำคัญในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการพัฒนายาต่างๆ รวมถึงยาที่มีคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร เช่น สารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง เนื่องจากความสามารถในการนำกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะเข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อน ความเสถียรและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นสารเคมีที่มีคุณค่าสูงในกระบวนการสังเคราะห์วัสดุขั้นสูงและสารเคมีพิเศษ