3,5-Difluoro-4-methylphenylboronic acid ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา Suzuki coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบอะริลโบรอนิกแอซิดกับสารประกอบอะริลฮาไลด์ สารนี้จึงมีบทบาทสำคัญในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังอาจใช้ในการวิจัยและพัฒนาวัสดุใหม่ๆ เช่น โพลิเมอร์และสารเรืองแสง เนื่องจากโครงสร้างที่มีฟลูออรีนและหมู่เมทิลที่ช่วยปรับปรุงคุณสมบัติทางกายภาพและเคมีของผลิตภัณฑ์สุดท้าย