2-Ethoxy-6-fluorophenylboronic acid ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยา cross-coupling เช่น Suzuki-Miyaura coupling ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่สำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโมเลกุลอินทรีย์ สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารประกอบทางเภสัชกรรมและสารเคมีที่มีความซับซ้อน นอกจากนี้ยังสามารถนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เนื่องจากโครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนและออกแบบโมเลกุลได้อย่างมีประสิทธิภาพ