1-Methylindole-5-boronic acid ใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมยาและสารเคมีเกษตร กลุ่มโบรอนิกแอซิดของสารนี้ช่วยอำนวยในการทำปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura cross-coupling ซึ่งช่วยให้เกิดพันธะคาร์บอน-คาร์บอนเพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาสารประกอบเบสอินโดล ซึ่งพบมากในยาที่เล็งเป้าไปยังภาวะทางระบบประสาทและมะเร็ง นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสังเคราะห์วัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และโพลิเมอร์