ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ หน้าที่ของกรดบอรอนิกช่วยให้เข้าร่วมในปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามของซูซูกิ-มิยะอุระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling) ซึ่งช่วยในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนอย่างมีประสิทธิภาพในการประกอบโมเลกุลที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปในเคมียารักษาเพื่อสร้างโครงสร้างพื้นฐานที่ขึ้นอยู่กับพิริดีนซึ่งพบในยารักษาโรคที่เล็งเป้าไปยังโรคอักเสบ มะเร็ง และความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่เนื่องจากความเสถียรและโปรไฟล์ปฏิกิริยาของโครงสร้าง