สารประกอบนี้ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร มันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการเตรียมสารประกอบที่มีโบรอน ซึ่งมีคุณค่าในการทำปฏิกิริยาคัปปลิ้งแบบ Suzuki-Miyaura ปฏิกิริยาเหล่านี้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน รวมถึงยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ ส่วนของยูเรียในโครงสร้างสามารถมีส่วนร่วมในการจับแบบพันธะไฮโดรเจน ทำให้มีประโยชน์ในการออกแบบโมเลกุลที่มีคุณสมบัติการจับเฉพาะ เช่น ตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวปรับตัวรับ ส่วนของโบโรเนตเอสเตอร์ยังช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ส่งเสริมการสังเคราะห์โครงสร้างเคมีที่หลากหลาย