3-Nitrophenylboronic acid pinacol ester มีการใช้งานหลักในด้านเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบออร์กาโนโบรอนกับสารประกอบออร์กาโนฮาไลด์ โดยมีตัวเร่งปฏิกิริยาเป็นโลหะทรานซิชัน เช่น แพลเลเดียม สารนี้มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น ยา สารเคมีเกษตร และวัสดุอิเล็กทรอนิกส์ นอกจากนี้ยังสามารถใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ ๆ ในห้องปฏิบัติการ