3-Cyano-4-fluorophenylboronic acid, pinacol ester ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคุปปลิง (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างกลุ่ม aryl หรือ vinyl boronic ester กับ aryl หรือ vinyl halide สารนี้มีประโยชน์ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการสังเคราะห์ยาชนิดใหม่ และในงานวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการผลิตวัสดุอิเล็กทรอนิกส์และสารเคมีพิเศษอื่นๆ ที่ต้องการความแม่นยำสูงในการออกแบบโมเลกุล