3-Fluorophenylboronic Acid Pinacol Ester ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในปฏิกิริยา cross-coupling แบบ Suzuki-Miyaura ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์สารประกอบ biaryl ในเภสัชกรรมและวัสดุอินทรีย์ นำไปใช้ในการพัฒนายา สารเคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง เนื่องจากความเสถียรและคุณสมบัติการเกิดปฏิกิริยาที่ดี นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยสำหรับการสร้างสารประกอบอะโรมาติกฟลูออรีน ซึ่งมีความสำคัญในเคมีทางการแพทย์เนื่องจากมีกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้นและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม