2-Aminopyrimidine-5-boronic acid pinacol ester ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมี โดยเฉพาะในปฏิกิริยาคัพปลิงแบบซูซูกิ (Suzuki coupling) ซึ่งเป็นปฏิกิริยาที่ใช้ในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนระหว่างสารประกอบโบรอนกับสารประกอบอาริลหรือวินิลฮาไลด์ สารนี้มักถูกนำมาใช้ในการผลิตยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อสร้างโมเลกุลที่มีความซับซ้อนและมีความเฉพาะเจาะจงสูง นอกจากนี้ยังมีการใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ที่มีศักยภาพในการใช้งานทางเภสัชกรรมและวัสดุศาสตร์