1-Methylimidazole-5-boronic Acid Pinacol Ester ใช้หลักในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาครอส-คัปเปลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura ซึ่งปฏิกิริยานี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้สามารถสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนและสารกลางยาได้ กลุ่มโบรอนิกเอสเตอร์ของสารนี้ทำหน้าที่เป็นหมู่ฟังก์ชันหลักที่ช่วยอำนวยการคัปเปลิงระหว่างกลุ่มอะริลหรือไวนิลกับสารอินทรีย์ต่างๆ นอกจากนี้ยังมีประโยชน์ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการพัฒนาวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และโพลิเมอร์ ความเสถียรและคุณสมบัติการเกิดปฏิกิริยาของสารนี้ทำให้เป็นตัวเรย์เอเจนต์ที่มีคุณค่าต่อการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมในการสร้างโครงสร้างเคมีขั้นสูง