สารประกอบนี้ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเภสัชกรรม เนื่องจากมีกลุ่มฟังก์ชันบอโรนิกเอสเตอร์ ซึ่งมีคุณค่าอย่างยิ่งในการทำปฏิกิริยาครอสคัปพลิงแบบซูซูกิ-มิยาอูระ ปฏิกิริยาเหล่านี้มีความสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน ทำให้สามารถสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อนได้ รวมถึงยา สารเคมีเกษตร และวัสดุขั้นสูง โครงสร้างที่มีส่วนของเมทอกซิฟีนิลยูเรียอาจช่วยในการออกแบบสารประกอบชีวภาพหรือตัวยับยั้งเอนไซม์ โดยเฉพาะในเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ กลุ่มพีนาโคลเอสเตอร์ยังช่วยเพิ่มความเสถียร ทำให้เหมาะสำหรับการเก็บรักษาและจัดการในกระบวนการเคมีต่างๆ