Pinacol 2-chloro-3-methoxypyridine-5-borate ถูกนำมาใช้หลักๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะส่วนประกอบพื้นฐานที่หลากหลายสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน ฟังก์ชันเอสเตอร์โบรอนของมันทำให้เป็นสารเคมีที่มีค่าซึ่งใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม โดยเฉพาะการจับคู่แบบ Suzuki-Miyaura ซึ่งช่วยอำนวยในการก่อตัวพันธะคาร์บอน-คาร์บอน สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร โดยโครงสร้างที่ไม่เหมือนใครช่วยให้สามารถนำกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะเจาะจงเข้าไปในโมเลกุลเป้าหมาย นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอโรไซคลิก ซึ่งมีความสำคัญในเคมียารักษาโรคสำหรับการออกแบบยาที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น ความเสถียรและปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมสำหรับการสร้างโครงสร้างเคมีที่หลากหลาย