สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร กลุ่มฟังก์ชันเอสเตอร์โบโรเนตทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าในการทำปฏิกิริยาคัปปลิ้งข้ามแบบซูซูกิ-มิยาอูระ (Suzuki-Miyaura cross-coupling reactions) ซึ่งใช้กันอย่างแพร่หลายในการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในการค้นพบยาและวิทยาศาสตร์วัสดุ ส่วนของไพเพอราซีนเพิ่มศักยภาพเป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับโมเลกุลที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยมักเล็งเป้าไปที่ความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลางหรือทำหน้าที่เป็นลิแกนด์ในเคมียารักษา รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ปรับปรุงความเสถียรและความละลาย ทำให้ง่ายต่อการใช้ในกระบวนการสังเคราะห์ต่างๆ นอกจากนี้ ยังอาจใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโบรอนสำหรับการบำบัดมะเร็ง เช่น การบำบัดด้วยการจับนิวตรอนโบรอน (BNCT)