ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาเชื่อมต่อคาร์บอน-คาร์บอน เช่น ปฏิกิริยาซูซูกิ (Suzuki coupling) เพื่อสร้างสารประกอบที่มีโครงสร้างฟีนิลพิเพอราซีน ซึ่งมักพบในสารชีวภาพและยาหลายชนิด สารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวทำให้เกิดปฏิกิริยา (building block) ในการพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะในกลุ่มยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านอาการทางจิต หรือยาแก้ซึมเศร้า เนื่องจากพิเพอราซีนมีความสามารถในการจับกับตัวรับในสมอง จึงนิยมใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเพื่อสร้างสารต้นแบบ (lead compounds)