ใช้หลักๆ เป็นสารตั้งต้นสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ หน้าที่ของเอสเตอร์โบโรเนตทำให้มีคุณค่าสำคัญในปฏิกิริยาครอส-คัปเปลิงแบบซูซูกิ-มิยาวูระ ซึ่งช่วยให้เกิดพันธะคาร์บอน-คาร์บอนในโปรแกรมการค้นพบยา ใช้กันทั่วไปในการเตรียมสารที่มีศักยภาพต้านมะเร็ง ต้านการอักเสบ และต้านไวรัส เนื่องจากแกนอินดาโซลซึ่งเป็นที่รู้จักสำหรับการจับตัวได้ดีกับเป้าหมายเอนไซม์ต่างๆ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยสำหรับการประกอบโมเลกุลซับซ้อนอย่างรวดเร็วผ่านการแปลงที่เร่งด้วยพาลลาเดียม