ใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมยาและการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามของซูซูกิ-มิยาวากิ หมู่โบโรเนตเอสเตอร์ช่วยให้เกิดการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการค้นพบยา มีประโยชน์อย่างยิ่งในการพัฒนาสารชีวออกฤทธิ์ที่มีโครงสร้างพิเพอร์ราซีน โดยที่หมู่เบนซิลคาร์บาเมตทำหน้าที่เป็นสารป้องกันสำหรับไนโตรเจนของพิเพอร์ราซีน ซึ่งช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกสรรได้ในระหว่างการสังเคราะห์หลายขั้นตอน สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งโปรติเอส รีเซปเตอร์อะโกนิสต์ และตัวยารักษาอื่นๆ ที่มีโครงสร้างพิเพอร์ราซีนเป็นส่วนประกอบหลัก ลักษณะความเสถียรและปฏิกิริยาของสารนี้ทำให้เหมาะสมสำหรับการคัดกรองความเร็วสูงและการสังเคราะห์ไลบรารีในเคมียารักษา