แคลเซียมฟรักโตโบเรต ถูกใช้เป็นแหล่งของธาตุบอรอนที่มีความปลอดภัยและดูดซึมได้ดีในร่างกาย โดยมักนำมาใช้ในผลิตภัณฑ์เสริมอาหารเพื่อสนับสนุนสุขภาพของกระดูกและข้อต่อ เนื่องจากบอรอนมีบทบาทในการช่วยการดูดซึมของแคลเซียมและวิตามินดี รวมถึงช่วยลดการอักเสบและอาการปวดข้อในผู้ที่มีปัญหาข้อเข่าเสื่อม

นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาว่าแคลเซียมฟรักโตโบเรตอาจช่วยเสริมระบบภูมิคุ้มกัน และส่งเสริมสุขภาพของระบบกล้ามเนื้อและเส้นเอ็น โดยเฉพาะในผู้สูงอายุหรือผู้ที่ออกกำลังกายหนัก ซึ่งต้องการการฟื้นฟูกล้ามเนื้อและข้อต่ออย่างต่อเนื่อง

ในด้านเกษตรกรรม สารนี้ก็ถูกใช้เป็นปุ๋ยเสริมเพื่อช่วยพืชในการสร้างผนังเซลล์ที่แข็งแรง และเพิ่มความต้านทานต่อโรคและแมลง โดยเฉพาะในพืชที่ต้องการบอรอนสูง เช่น พืชตระกูลถั่ว บวบ แตงกวา และมะเขือเทศ